研究生在使用万方查重软件时，需要注意软件的兼容性，可能会出现与操作系统版本不匹配、与其他软件冲突等问题。解决方法包括更新软件版本、关闭冲突软件、检查系统设置等。

此外，研究生使用万方查重软件时还需注意软件的费用问题，不同版本的软件可能有不同的费用标准，建议提前了解清楚费用情况，避免因费用问题影响正常使用。